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糖尿病の新規メカニズムのシステム生物学的アプローチによる理解

A systems approach to discern novel mechanisms in diabetes: Integrating omics data to understand causal protein and transcriptional networks that contribute to the pathogenesis of diabetes.

Niven R Narain, Arleide Lee, Shiuli Agarwa, Vivek K. Vishnudas, Min Du, Shen Luan , Slava Akmaev, John Caprice, Iya Khalil , Colin Hill, Rangaprasad Saranagarajan
Berg Biosystems.

Keystone Symposia:Pathogenesis of Diabetes Feb 1, 2012 (Poster 316)

このグループは、脂肪細胞・骨格筋細胞・肝細胞・血管平滑筋細胞・心筋細胞・内皮細胞に対するストレスや摂動(stressors and perturbation)の組み合わせととらえ、さまざまな要因をモデリングすることで糖尿病を理解する新しいアプローチを行った。このモデリング下で細胞間コミュニケーションに関するいくつかの実験を行い、分泌蛋白と細胞蛋白のproteomicsデータを収集した。各細胞モデルからのproteomicおよびtranscriptionalデータをAIを用いたデータマイニングプラットフォームで統合し、Bayesianモデルに基づいた因果関係のネットワークを作製した。正常と摂動を受けたネットワークを比較することによって、正常の状態と疾患を区別するprotein およびtranscriptionalネットワークのパターンを得ることができる。さらに、因果関係のネットワークのシミュレーションによって、活性のノードと相互作用のエッジの関係を正しく理解することができる。最も有意なノードをノックダウンまたは過剰発現実験と糖尿病特異的な機能的アッセイを用いて検証することにより、糖尿病の病態生理の理解に重要な新規メカニズムを確認できる。このディスカバリープラットフォームは、創薬のためのメカニズム理解に役立つと考えられる。
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by md345797 | 2012-02-02 16:13 | その他